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一般粉状饲料添加微生物制剂效果较好，颗粒饲料和膨化饲料在加工过程中的高温可造成10%~30%的芽孢杆菌，90%以上的肠球菌以及99%以上的酵母失活，而乳酸杆菌几乎全部被杀灭。因此，在颗粒饲料中要使用耐热，耐挤压的芽孢杆菌制剂。乳酸菌不耐高温，应采用冻干后包被或采用喷雾干燥的方式制成的乳酸菌制剂。使用时采用饮水方式，以利于乳酸菌优先粘附于肠壁。

微生物制剂中必须含有相当数量的活菌才能达到效果。当进入动物肠道食糜中外源菌数大于1000万个每克时，都会对肠道内原有菌群产生较大的影响。因此，微生物制剂在产品中活菌数含量为10亿~20亿每克时效果*。 我国正式批准的微生物制剂中规定每克芽孢杆菌含量要多于5亿个。以酵母菌产品为例，目前市场上销售的产品活菌数从每克几亿到200亿不等，在选择是要认真鉴别。
嗜热脂肪芽孢杆菌    
乳酸片球菌    PediococcusacidilacticiLindner
肠膜明串珠菌    Leuconostoc mesenteroides
棒杆菌属    Corynebacterium sp.
嗜酸乳杆菌    Lactobacillus acidophilus
嗜酸乳杆菌    Lactobacillus acidophilus
枯草芽胞杆菌    Bacillus subtilis
谷氨酸棒状杆菌    Corynebacteriumglutamicum(Kinoshitaetal.)Abe ..
乙型溶血性链球菌    Streptococcus hemolytic-β
灰黄青霉    PenicilliumgrisofulvumDierckx
里氏木霉    Trichoderma reesei
枯草芽孢杆菌枯草亚种    Bacillussubtilissubsp.subtilis
大肠埃希氏菌    Escherichia coli
产气荚膜梭菌    Clostridium perfringens
单增李斯特氏菌    Listeria monocytogenes
副溶血弧菌    Vibrio parahaemolyticus
阪崎肠杆菌    Enterobacter sakazakii
福氏志贺氏菌    Shigella flexneri
蜡样芽孢杆菌    Bacillus cereus
乙型副伤寒沙门氏菌    Salmonella paratyphi β