发酵床菌种中的有益微生物是发酵床的核心所在，也是影响发酵床工作效率的重要因素。因此，如何挑选发酵床菌种是大多养殖户都会去思考的问题。
为了保证发酵床功能的多样化，应选择多种菌类复合而成的发酵床菌种。发酵床是一个复杂的生态系统，并不是某一种菌就可以带动发酵床正常工作的。发酵床中温度、湿度、通气性甚至酸碱度都需要有不同的有益菌进行调节，发酵床如果不能对这些因素进行控制，会使有益菌因生长环境恶劣而大量死亡，造成死床现象。使整个发酵床报废，起不到任何作用，浪费了养殖户极大的时间与财力，造成严重损失。
选择操作简单的发酵床菌种制作发酵床。一来可以避免繁琐的制作过程，节省时间，二来减少在制作过程中因操作失误造成的发酵床制作失败，降低出现损失的概率。
注意有效活菌数，发酵床菌种的好坏并不是依靠有益菌数量的多少进行判断，而是根据有效活菌数来决定。发酵床是通过有益菌的活动繁殖才能对养殖动物有所帮助，没有用的菌以及已经死亡的菌对发酵床没有任何帮助，很多不法商家就利用这一点，偷换概念，使制作出来的发酵床养殖效果很差。
使用发酵床进行养殖的目的在于降低养殖成本，提高经济效益。所以在挑选发酵床菌种的时候也要注意使用这款发酵床菌种的成本。值得注意的是，这里所指的成本不光指发酵床菌种的价格，也要考虑使用这款菌种制作发酵床每平米的均价，发酵床菌种的有效活菌数，垫料成本、日常维护难易程度、对养殖动物的帮助，甚至失败的几率都需要考虑在内，通过多方面的考虑才可以选择出一款真正适合您的菌种。
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