按其特殊用途可分为基础培养基、加富培养基、选择性培养基和鉴别培养基。
（1）基础培养基。是含有一般微生物生长繁殖所需基本营养物质的培养基。牛肉膏蛋白胨培养基是zui常用的 基础培养基。
（2）加富培养基。是在基础培养基中加入血、血清、动植物组织提取液制成的培养基。用于培养要求比较苛刻的某些微生物。
（3）选择培养基。是在普通培养基中加入特殊营养物质或化学物质，以抑制不需要的微生物的生长，有利于所需微生物的生长。用于将某种或某类微生物从混杂的微生物群体中分离出来。
培养基
用途
原因
加入青霉素
分离酵母菌，霉菌等真菌
青霉素仅作用于细菌，对真菌无作用
加入高浓度食盐
分离金黄色葡萄球菌
金黄色葡萄球菌细胞壁结构致密，且能分泌血浆凝固酶，分解纤维蛋白原为纤维蛋白，沉积在细胞壁 表面形成很厚的一层不透水的膜，不易失水
不加氮源
分离固氮菌
固氮菌能利用空气中的氮气，其他菌类不行
不加含碳有机物
分离自养型微生物
自养型微生物可利用无机碳源，异养型微生物不行
加入青霉素等抗生素
分离导入了目的基因的受体细胞
导入了目的基因的受体细胞中含有标记基因，对特定抗生素有抗性
入氨基喋呤，次黄嘌呤，胸腺嘧啶核苷酸
分离杂交瘤细胞
在该实验上一步得到的细胞中，仅有杂交瘤细胞能完成DNA复制，正常进行细胞分裂，其他细胞的DNA复制过程被阻断无法进行分裂
（4）鉴别。是在培养基中加入某种试剂或化学药品，使培养后会发生某种变化，从而区别不同类型的微生物。如鉴别大肠杆菌的伊红美蓝培养基，鉴别纤维素分解菌的刚果红培养基。
伊红美蓝培养基：用于鉴别大肠杆菌。右图中是大肠杆菌菌落，菌落表面反光，有金属光泽。
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