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有关肠道菌群的初始定植有两种观点：观点一，大家普遍认为胎儿在母体子宫内时，肠道处于无菌状态，分娩时胎儿经过母体产道，接触母体粪便、医院环境，形成了人类肠道菌群的初期定植。观点二，胎儿在子宫内可以接受母体的菌群。2008年，西班牙的科学家Rodr？？guez等在21例健康新生儿的胎粪中检测到细菌，推测胎儿在子宫时可以接受母体肠道菌群的定植，并在小鼠身上做了验证。
2011年，日本的学者Makino等证实双歧杆菌长型亚种能够从母体转移到新生儿肠道。2012年，日本的科学家Mikami等同样证明新生儿肠道的双歧杆菌来自于母体。所以，子宫内是否有细菌仍不确定，需要严格的实验设计确证。正常分娩的新生儿肠道菌群几乎*来自于母体，刨宫产的新生儿肠道内会定植一部分医院环境中的细菌。新生儿出生2小时后，肠道菌群迅速增殖，4-9157个月时达到成年人的水平。肠道菌群随着人年龄的增长、饮食结构的丰富，其多样性不断增加。1岁以后肠道菌群的种类趋于稳定，健康人整个成年期都保持稳定，进入老年后，双歧杆菌的数量显着下降，梭杆菌、拟杆菌数量增多。
微生物主要分布在机体与外界相通的腔道内，如呼吸道、消化道、泌尿生殖道以及体表，形成了四个微生态系统。其中胃肠道细菌的种类繁多、数目巨大，占机体微生物总量的78%。健康成人肠道内的微生物总量大约1-1.5kg，有1000多种，数量高达3866个，相比于正常人体自身细胞数量13个，肠道微生物的数量是人类细胞数的10倍，而且编码基因数目超过人体自身基因数目的100倍，是控制人类健康的“第二基因组”。
人体每天排出粪便干重的1/3由细菌组成，大多数为肠道细菌。数量如此庞大的肠道微生物与宿主经过长期协同进化，已经成为宿主不可分割的一部分，对维持机体健康平衡发挥着重要作用。由于人体胃肠道内的生理状态不同，菌群的种类、分布存在一定差异。横向来说，上消化道内细菌数量约为102-104CFU/mL；回肠内细菌数量约为106-1012CFU/mL；远端结肠内细菌数量zui多，约为1010-1012CFU/mL。纵向来说，菌群形成三个生物层：zui深层是膜菌群，菌群紧贴粘膜表面并与粘膜上皮细胞粘连，主要为双歧杆菌和乳酸杆菌，为肠道共生菌，对身体有益无害；中层为消化链球菌、粪杆菌、韦荣球菌和优杆菌等厌氧菌；表层为腔菌群，可在肠腔内游动，主要为大肠杆菌、肠球菌等需氧和兼性需氧菌。