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分析当我们机体处于健康状态下，细菌会安全地在机体肠道中定居繁殖，在很大程度上机体的细菌和肠道都是和谐共存的，而且肠道能够滋养，甚至控制细菌的行为，从而直接影响机体的活动
在肠道菌群和心理健康中，压力很有可能也是非常重要的，长期以来我们都知道，压力会诱发早期精神疾病的发生，如今研究者发现压力或许和肠道菌群之间存在双向的关系。研究者发现，将老鼠幼崽置于应激因子中会改变其机体的肠道菌群、压力反应以及机体的行为，而包含有益细菌的一些益生菌群体或许就能够降低小鼠幼崽机体的压力行为。
许多和情绪改变相关的疾病，比如肠道易激综合症(IBS)和慢性疲劳综合征(CFS)的发生或许都和肠道菌群直接相关；肠道易激综合症被认为是一种肠道脑部障碍，压力通常会加剧疾病的发生，一半的肠道易激综合症患者在抑郁症和焦虑症上都存在一定困难。目前正在进行的一项研究中，研究者就调查了肠道菌群是否会引发肠道易激综合症患者出现情绪症状，同时研究者也想知道是否肠道菌群和机体胃肠道不适、腹泻和便秘是否有关。
慢性疲劳综合征是一种多系统疾病，很多患者都会经历肠道菌群失衡的表现，在这些患者机体中，肠道菌群的改变会引发一些症状的出现，比如抑郁症、神经认知障碍、疼痛或者睡眠干扰等。近来的一项研究中，研究者对慢性疲劳综合征进行研究发现，较高水平的乳酸菌或许和患者心情较差直接相关，当患者利用抗生素疗法降低肠道菌群失衡时，就会明显改善睡眠和情绪的表现。
目前研究者并不清楚压力和其它因子，诸如肠道通透性和这些障碍发生的关联，但一些下游效应似乎会参与IBS、炎性肠病、CFS、抑郁症和慢性疼痛的发生。
机体的心理健康和睡眠的质量和时间都存在密切关联，有研究表明，肠道菌群能够影响睡眠的质量和机体的昼夜节律钟。在一项对慢性疲劳综合征患者进行的研究中，研究者发现，机体肠道中有害梭状芽胞杆菌水平的增加往往和机体睡眠障碍及疲惫的可能性增加直接相关，但这只是针对女性而言，这或许就表明，肠道菌群的失衡或许会突然间或*性地影响机体的睡眠。
越来越多的研究都表明，机体的昼夜节律(circadianrhythms)能够调节肠道的免疫反应，免疫细胞对生物钟的效应或许能够研究研究者深入理解睡眠和肠道之间的双向关系；比如，在动物机体中进行的研究就表明，昼夜节律的失调能够导致肠道菌群的失衡，但这种效应可以通过饮食来缓解。
目前研究者越来越关心，睡眠昼夜节律中钟的干扰会导致一系列健康问题的出现，比如肥胖、代谢和炎性疾病、情绪障碍等，而这尤其对于轮班工作者以及经历醒睡模式改变的个体非常重要。