细菌：
细菌菌落常表现为湿润、粘稠、光滑、较透明、易挑取、质地均匀以及菌落正反面或边缘与中央部位颜色一致，边缘一般看不到细胞，与培养基不结合，颜色多样，菌落外观形态小而凸起或大而平坦，菌落透明或稍透明。细菌的细胞相互关系是单个分散或有一定的排列方式的。它的形态特征是小二而均匀，个别有芽孢。细胞生长速度一般很快，细菌一般有臭味。
酵母菌：
大多数酵母菌的菌落特征与细菌相似，但比细菌菌落大而凸起，菌落表面光滑、湿润、粘稠，容易挑起，菌落质地均匀，正反面和边缘、中央部位的颜色都很均一，菌落多为乳白色，少数为红色，个别为黑色，菌落稍透明，不与培养基结合。菌落边缘可见球状，卵圆状或假丝状细胞。气味多带酒香味。
放线菌：
放线菌在固体培养基上形成与细菌不同的菌落特征，放线菌菌丝相互交错缠绕形成质地致密的小菌落，干燥、不透明、难以挑取，当大量孢子覆盖于菌落表面时，就形成表面为粉末状或颗粒状的典型放线菌菌落，由于基内菌丝和孢子常有颜色，使得菌落的正反面呈现出不同的色泽。细胞相互关系是丝状交织，形态特征细而均匀，生长速度慢，常有泥腥味。
霉菌：
由于霉菌的菌丝较粗而长，因而霉菌的菌落较大，有的霉菌的菌丝蔓延，没有局限性，其菌落可扩展到整个培养皿，有的种则有一定的局限性，直径1~2厘米或更小。菌落质地一般比放线菌疏松，外观干燥，不透明，呈现或紧或松的蛛网状、绒毛状或棉絮状；菌落与培养基的连接紧密，不易挑取；菌落正反面的颜色和边缘与中心的颜色常不一致，颜色多样。菌落边缘可见粗丝状细胞。细胞相互关系是丝状交织，形态特征粗而分化，细胞一般生长较快，气味往往有霉味。
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