现代工业的规模越来越大，每只发酵罐的容积有几十甚至几百立方米。因此要在短时间内完成发酵，必须要有数量巨大的微生物细胞才行。种子扩大培养的任务就是要获得数量足够的健壮的微生物。种子扩大培养是指将保存在砂土管、冷冻干燥管中处休眠状态的菌种接入试管斜面活化后，再经过扁瓶或摇瓶及种子罐逐级扩大培养,zui终获得一定数量和质量的纯种过程。这些纯种培养物称为种子。
微生物工业自从采用纯种发酵以来，产率有了很大的提高，然而防止杂菌污染的要求也更高了。人们在与杂菌污染的斗争中，积累总结出很多宝贵的经验。规范了管理措施，设计了一系列设备（例如密闭式发酵罐，培养基灭菌设备，无菌空气制备设备等）和管道，应用了无菌室甚至无菌车间，建立了无菌操作技术，因而大大降低了发酵染菌率。但是某些发酵工业还遭受着染菌的威胁，染菌后轻者影响产率、产物提取收得率和产品质量，重者造成“倒罐” ，不但 浪费大量原材料，造成严重的经济损失，还会对周围环境造成破坏。
凡是在发酵液或发酵容器中侵入了非接种的微生物统称为杂菌污染，及早发现杂菌并采取相应措施，对减少由杂菌污染造成的损失至关重要。因此检查的方法要求准确、快速。发酵污染可发生在各个时期。种子培养期染菌的危害zui大，因严格防止。一旦发现种子染菌，均应灭菌后弃去，并对种子罐及其管道进行*灭菌。发酵前期养分丰富，容易染菌，此时养分消耗不多，应将发酵液补足必要养分后迅速灭菌，并重新接种发酵。发酵中期染菌不但严重干扰菌株的代谢，而且会影响产物的生成，甚至使已形成的产物分解。
由于发酵中期养分已被大量消耗，代谢产物的生成又不是很多，挽救处理比较困难，可考虑加入适量的抗生素或杀菌剂。如果是发酵后期染菌，此时产物积累已较多，糖等养分已接近耗尽，若染菌不严重，可继续进行发酵；若污染严重，可提钱放罐。染菌程度越重，危害越大；染菌少，对发酵的影响就小。所以，实际中，应当根据污染程度和发酵时期区别对待。
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