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当霉菌孢子落在适宜的基质上后，就发芽生长并产生菌丝，由许多菌丝相互交织而成的一个菌丝集团称菌丝体（mycelium，复数，mycelia）。菌丝体分两类，密布在固体培养基质内部，主要执行吸取营养物功能的菌丝体，称营养菌丝体（vegetaive mycelium）；而伸展到空间的菌丝体，则称气生菌丝体（aerial mycelium）。这两类菌丝体在长期的进化中，因自身的生理功能和对不同环境的高度适应，已明显发展出各种特化的构造。
 
1，营养菌丝体的特化形态
1)假根（rhizoid）是Rhizopus（根霉属）等低等真菌葡萄菌丝与固体基质接触分化出来的根状结构，具有固着和吸取养料等功能。
 
2）葡萄菌丝（stolon）又称葡萄枝。毛霉目（Mucorales）真菌在固体基质上常形成与表面平行、具有延伸功能的菌丝，辰葡萄菌丝。zui典型的可在Rhizopus中见到。在固体基质表面的营养菌丝分化为葡萄菌丝，在其上每隔一段距离可长出深入基质的假根和伸向空间的孢囊梗，随着葡萄菌丝的延伸，不断形成新的假根和孢囊梗，这类真菌会随基质的存在而向四处快速蔓延，根本就不会形成像在其他真菌中常见的那样固定大小和形态的菌落。
 
3）吸器（haustorium）由几类专性寄生的真菌如绣目菌（uredinales）、霜霉目（peronosporales）的话的一些种所产生。吸器是一种只有在宿主细胞间隙间蔓延的营业菌丝上分化出来的短支，她可在侵入细胞内形成指状或者球状，丝状的构造。用以吸取宿主细胞内养料而不是其致死。
 
4)附着枝（adhesive branch）若干寄生真菌如asteridiella homalii-angustifolii（小光壳炱）和irenina（秃壳炱属）等，由菌丝细胞生出1-1730个细胞的短枝，将菌丝附着于宿主体上，此即附着枝。
 
6）菌核（sclerotium）是一种形状，大小不一的休眠菌丝组织，在不良外界条件下，微生物菌种查询网可保存数年生命力，菌核形状有大有小，大的如茯苓（大如小孩头），小的如油菜菌核（形如鼠粪）。菌核的外层颜色深，坚硬，内层疏松，大多呈白色。
 
7)菌索（rhizomorph funiculus）菌索一般是有伞菌如armillaria mellea（假蜜环菌）等产生，为白色根状菌丝组织，功能为促进菌体蔓延和抵御不良环境，通常可在腐朽的树皮或地下发现。
 
8）密环（ring）和菌网（net）捕虫菌目（zoopagales）和一些半知菌的菌丝常会分化成菌环或网状的特化菌丝组织，用以捕捉线虫或其他微小动物，然后进一步从这类环或网上生出菌丝侵入线虫等体内，吸取养料。线虫是生存于土壤中危害植物根部并影响作物生长和产量的有害动物。种类很多（约2.5万种），用真菌防止线虫有良好的前景。