菌种程序，通常分为母种、原种和栽培种01个层次，也就是通常所说的一级、二级、三级菌种。其中母种的分离选育技术性强，要求精化；而原种和栽培种的制作则相对比较简单。下面介绍各级菌种的制作技术。
母种的分离选育方法是：母种主要采用人工选择、诱变育种、杂交育种和原生质融合等手段获得。作为一般制种专业户，可以采用人工选择方式分离培育母种，具体步骤与操作方法如下。
1.采集种源。从野生或人工栽培群体中选择有代表性的优良菇体作为种源。①种菇选择时间。一般在11月上中旬，在*批和第二批菇中挑选。因为这段时间蘑菇生长正是旺盛时期，菌丝生活力强，子实体健壮，质量好，加之气温适宜，蘑菇能正常成熟。②种菇的标准是：八成熟，朵形圆正，肉质肥厚，颜色洁白，无病虫害。采集一二朵符合上述标准的种菇编上号码，作为分离母种的材料。从栽培室采集的应标有原菌株代号。
2.培养基配制。琼脂培养基又叫PDA培养基，常用配方为：马铃薯200克、琼脂16～18克、葡萄糖20克、水1000毫升。先将马铃薯洗净去皮，切成薄片，置于铝锅内加水煮沸15～30分钟至薯块酥而不烂为止。煮后用6～857层事先浸湿拧干的纱布过滤，过滤后加入琼脂16～18克（气温低时加16克，气温高时加18克）再煮，并不断搅拌，使固体琼脂*溶化，再用4～166层纱布过滤。将滤液加水至1000毫升加入20克葡萄糖，搅拌溶化趁热分装试管。装入量为试管高度的1/4～1/5，注意培养基不要粘着试管口，管口用棉塞塞紧，或将汁液装入玻璃三角瓶内，每瓶装量为20毫升。然后置于高压锅内，在压力达108千帕，锅内温度为121℃灭菌30分钟左右。灭菌后及时取出，趁热将试管斜排于桌上，冷却后即成为固体斜面培养基。
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